V roce 1956 byl Moravský kras vyhlášen chráněnou krajinnou oblastí. Všechny podzemní a povrchové krasové jevy jsou přísně chráněny zákonem č. 114/97 Sb. Přísně chráněny jsou i vybrané druhy flory a fauny. Sloupsko–šošůvské jeskyně jsou přírodním zimovištěm řady druhů netopýrů, proto je činnost v jeskyni v měsících listopad až leden omezena na minimum. Během posledních rekonstrukcí prohlídkové trasy Sloupsko–šošůvských jeskyní byla snaha přiblížit jeskyně co nejvíce původnímu stavu, účinně chránit krápníkovou výzdobu před vandaly a citlivě nasvětlovat podzemní prostory. V jeskyni probíhá dodnes speleologický průzkum, dokumentace mikroklimatické, hydrochemické, geologické a další výzkumy, které doplňují studium přírodních procesů a vlivu člověka na krasové jevy.

Současné využití jeskyně

Sloupsko–šošůvské jeskyně jsou využívány především pro provozování veřejných prohlídek a odborných exkurzí. V Eliščině jeskyni se příležitostně konají veřejné pěvecké a hudební koncerty. Kromě těchto činností je ve vybraných partiích zřízena léčebna speleoterapie. Příznivé podmínky jeskynního ovzduší (vlhkost, obsah záporných iontů) působí blahodárně na astmatické potíže především u dětí z oblastí postižených exhalacemi. Mnohaletá úspěšná léčba ve Sloupských jeskyní vedla k zavedení speleoterapie v dalších podzemních prostorách Moravského krasu, v Císařské jeskyni.

Sloupsko–šošůvské jeskyně lze považovat za unikát, který slouží laické i odborné veřejnosti ke studiu a poznání přírodních a kulturních hodnot.