Ze vstupní expozice v provozní budově správy jeskyní sestupují návštěvníci skalním portálem v místě bývalého kamenolomu do dómu Mrtvých. Tyto prostory byly známy v pravěku a poté na dlouhou dobu zapomenuty. V místech, kde byly vykopány kosterní pozůstatky cromagnonských lidí, jejich nástroje i kosti pleistocénních zvířat, je dnes ukázka pravěkého ohniště a malá část archeologických i paleontologických nálezů. Historické pamětní desky na stěnách jeskyně připomínají místa nálezů i jména významných badatelů J. Szombathyho a J. Fürsta, kteří zde prováděli výzkum v letech 1881 až 1922. V dómu Mrtvých vyzařuje atmosféra tajemna i odkryté historie zároveň. Z rozlehlé prostory, podepřené několika mohutnými skalními pilíři, pokračuje prohlídková trasa kolem komínu vyplněného balvanitou sutí, což je podle některých názorů pravděpodobně původní vchod do jeskyně. Návštěvníci pohlédnou do nejvyšší úrovně podzemního systému a kolem mohutných rozpraskaných stalagmitů přicházejí na Křižovatku. Z vysoké prostory zde vybíhá pět chodeb do různých směrů, které ústí do tzv. Labyrintu. Kolem sintrového útvaru Zkamenělý hřib a jeskyně U ještěra vede schodiště do nejnižší zpřístupněné prostory – Modré jeskyně. Vysoký podzemní dóm s hrůzostrašně vyhlížejícími bloky ve stropě je 37 metrů pod zemským povrchem. Z Modré jeskyně se návštěvníci vrací k pokračování prohlídkové trasy a do Kaple, kde je čeká symbol jeskyně – překrásný, přes 2 metry vysoký stalagmit nazývaný Mumie. Odtud vede chodba do vysoké síně - Chrámu přírody. Na jeho stěnách jsou překrásně zbarvené sintrové náteky a krápníkové útvary tu podle svých tvarů mají pojmenování Beránek, Holubice, či Zasněžený strom. Bezejmennou a Netopýří jeskyní pokračuje prohlídka do dómu, objeveného kladečskými občany roku 1902. Pro zachovalost krápníkové výzdoby byl nazván Panenskou jeskyní. Seskupení krápníků mnoha forem tu připomínají Betlém, Zkamenělý hrad, Madonu a další dle lidské fantasie. Panenská jeskyně je také nejrozlehlejší prostorou pod vrchem Třesínem.

Návštěvní okruh Mladečských jeskyní se uzavírá opět v dómu Mrtvých. A tak poslední dojem při návratu na zemský povrch v návštěvníku zanechává toto tajuplné pohřebiště našich předků z doby před třemi desítkami tisíců let a kosti pravěkých zvířat, která je obklopovala. V roce 2003 moderně a citlivě zrekonstruovaná turistická trasa je pro každého nevšedním zážitkem.