Všechny jeskyně i povrchové krasové jevy Českého krasu jsou chráněny podle § 10 zákona č. 114/1992 Sb. o ochraně přírody a krajiny, některé jsou navíc součástí zvláště chráněných území.

CHKO Český kras byl vyhlášen výnosem Ministerstva kultury ČSR pod čj. 4.947/72-II/2 ze dne 12. 4. 1972 na území o rozloze 12.823 ha.

Koněpruské jeskyně (dále jen KoJ) leží ve zvláště chráněné oblasti NPP Zlatý kůň (dříve Chráněný přírodní výtvor), vyhlášené r. 1972.

Jeskyně slouží veřejnosti i odborným exkurzím. Intenzivní turistický provoz by mohl vážně poškodit citlivý jeskynní ekosystém, proto je nezbytná důsledná regulace návštěvnosti, dodržování stanoveného počtu osob v jednotlivých výpravách i četnost jejich vstupů. Poněkud netradiční způsob využití jeskyní občas zvolí někteří jedinci, kteří mají k jeskyním niterní vztah.

Začleněním Koněpruských jeskyní do resortu životního prostředí se v nich začalo více dbát na jejich ochranu - průběžně se v nich likviduje lampenflóra, došlo k výměně dosloužilého zábradlí za nerezové postupně byly vyměněny uzávěry vchodů, započalo se s likvidací plísňových povlaků v jeskyních, z jeskyně byla odstraněna část sutě vzniklé během zpřístupňování apod.

Ročně Koněpruské jeskyně navštíví okolo 100.000 návštěvníků. Od zpřístupnění v r. 1959 jeskyně vidělo již přes 5 miliónů návštěvníků.

Jeskyně a jejich bezprostřední okolí se občas stávají kulisou reklamních šotů, televizních či filmových scén (z poslední doby např. Jezerní královna, Zdivočelá země, O Červené Terezce).

Koněpruské jeskyně, díky své poloze, patří v Českém krasu k nejstarším jeskyním s krápníkovou výzdobou, která je zde vyvinuta v nejúplnějším sledu. Proto slouží jako etalonová lokalita pro její studium. Jeskynní výplně umožňují rekapitulovat vývoj podnebí, krajiny i života v minulosti. Žákům škol slouží jako názorná učební pomůcka.

Jeskyně leží v bezprostřední blízkosti činných lomů. Po dohodě s těžební organizací se na řadě míst jeskyně monitoruje vliv trhacích prací na stabilitu horninového masívu, volných bloků v závalu i na krápníkovou výzdobu.