Prohlídka jeskyně začíná ve vstupní hale bývalých kasáren, kde se návštěvníci seznámí s pestrou a pohnutou historií tohoto místa. K dispozici jsou zde dobové dokumenty, fotografie i archeologické nálezy. Z haly je vstup do betonového krytu, bývalého záložního velitelského stanoviště vojsk české a dříve československé armády pro případ válečného konfliktu, ve kterém by byly použity zbraně tzv. hromadného ničení (jaderné, chemické, biologické).

V roce 1961 byl kryt vestavěn do rozlehlé jeskynní chodby. Návštěvníci postupně projdou jeho lůžkovou částí, sálem logistiky, velitelským stanovištěm a pracovnami, prohlédnou si i technologickou část objektu se zařízením pro přežití.

Z krytu se vstupuje do jeskynních prostor, činností člověka také značně poznamenaných. Vytěžení fosfátových hlín a úprava jeskyně na německou podzemní továrnu proměnila původní skromnější prostory na dnešní mohutné tunely a sály. Přesto se v jejich vysokých stropech a odbočkách dochoval původní přírodní charakter.

Široká chodba plynule ústí do rozlehlého Medvědího sálu, kde při výzkumech i při těžbě fosfátových hlín byly odkryty četné kosti pleistocénních obratlovců, zejména kompletní kostry jeskynních medvědů (Ursus spelaeus). Věrný model jeskynního medvěda v životní velikosti zde můžete i spatřit. Z Medvědího sálu se přichází do Škrapového dómku s částečně zachovalou krápníkovou výzdobou (zpřístupněnÍ v roce 2010).

Z následující Babické chodby vede na povrch větrací šachta, která za 2. světové války sloužila k ventilaci podzemní továrny. Chodba pokračuje zajištěným závalem do rozlehlých prostor s překrásnou krápníkovou výzdobou. Tyto, veřejnosti nepřístupné části, se nazývají Salmův Výpustek a mohou být klíčem k dalšímu neznámému pokračování jeskynního systému. V ústí Babické chodby jsou také dosud zazděné vstupy i do dalších odboček.

Působivé jsou ruiny německé kotelny. Topilo se v ní uhlím a podlahové kanály podle svědků vyhřívaly vzduch v celé podzemní továrně až na 17–20 °C. Venkovní světlo sem prosvítá otvorem, kterým se po betonovém skluzu sypalo uhlí do zásobníku. Osm metrů vysoký ocelový komín kotle vede skrz skalní masiv až na povrch.

Z kotelny vede prohlídková trasa do Jindřichova sálu. Ve stropech chodeb je dosud patrná původní modelace stěn i masivní krápníková výzdoba, tvořená převážně sintrovými náteky. Pamětní deska z roku 1883 připomíná návštěvu knížete Jana Lichtensteina. Lichtenštejnové na začátku 19. století poprvé vchod jeskyně upravili a organizovali veřejné prohlídky těchto i dalších prostor. Tmavé stěny a strop sálu s vynikající akustikou pokrývá mladá krápníková výzdoba v podobě brček a záclon. Z prostor poznamenaných požárem, založeným ustupující německou armádou, vede odbočka do strojovny náhradních zdrojů. Dva stabilní dieselové lodní motory poháněly od roku 1966 generátory pro podzemní kryt.

K východu se dostanete přes tři přírodní neupravované chodby (zpřístupnění v letech 2010 a 2013), kde uvidíte původní úroveň podlah jeskyně před těžbou hlín a nahlédnete do dvou propastí s hloubkou až 20 metrů.