Správa jeskyní České republiky byla zřízena 1.dubna 2006 jako státní příspěvková organizace, jejíž součástí se stalo 14 správ jeskyní i odborné oddělení péče o jeskyně. Přes své osamostatnění je SJ ČR nedílnou součástí aktivní struktury státní ochrany přírody a její odborné, personální a technické vybavení je zárukou kvalitní péče a prezentace jeskyní, ale také dalšího rozšiřování odborných činností ve sféře průzkumu, výzkumu, dokumentace a ochrany krasu, jeskyní i dalších podzemních prostor.

Účelem vzniku SJ ČR je zajišťování ochrany, péče a provozu zpřístupněných jeskyní České republiky a s nimi bezprostředně souvisejících podzemních prostor a zpřístupňování, ochrana a péče o podzemní prostory, pokud v nich budou prováděny činnosti na základě rozhodnutí místně příslušného orgánu ochrany přírody, nebo budou využívány k účelům podléhajícím dozoru státní báňské správy.